【恭喜！你已手握珍贵的原子恐龙大衮化石，此刻，系统正全力为你孕育出对应的宝可梦。】
在游戏的虚拟世界中，复活这样的化石需要五百货币作为代价。系统已自动从柳天赐的账户中扣除五百代币，由于这枚化石保存得异常完好，因此它几乎在瞬间就被成功复活，并转化为了对应的宝可梦。
然而，令人遗憾的是，原本隐藏在化石中的穆托卵却已不见踪影，被悄无声息地转移了。但柳天赐的目光并未因此而有所动摇，因为他所追求的并非普通的穆托。
在穆托的族群中，雌性的穆托拥有惊人的进化潜能。她们可以历经蜕变，成为统治群落的穆托女王，甚至进一步进化为至高无上的至尊穆托。柳天赐的目标，正是那威严的穆托女王或是那传说中的至尊穆托。——————————————————————————————————————
海军上尉福特·布罗迪，身为拆弹爆破专家，定居于旧金山，与身为护士的妻子艾丽共同抚养着他们的儿子。
某日，福特接到来自日本的紧急电话，得知父亲乔因擅自闯入废弃核电站管制区而被捕，需要家人前往保释。乔，这位执着的工程师，15年来一直在探寻辐射外泄的真相，因此与渴望摆脱丧母阴影的福特渐行渐远。艾丽鼓励福特前往日本，既是为了解救父亲，也是为了修复这段疏远的父子关系。
在成功保释乔之后，福特初时仍难以接受父亲偏激的行为。然而，在乔的耐心说服下，父子俩决定再次深入废弃核电站管制区，寻找与辐射外泄相关的证据。
然而，他们惊讶地发现，这片区域早已没有核辐射的踪迹。乔和福特随后被军方人员逮捕，并被押送至核电站废墟背后一个隐秘的基地。
这个基地在过去数年间一直在研究一个穆托的蛹。领队芹泽博士在得知乔曾是核电站工程师后，与乔展开了深入的交谈。他们惊讶地发现，两人对核电站事故原因的怀疑竟然不谋而合：他们认为，这起事故是由一种以吸收核辐射为生的怪兽——穆托——造成的。
经过研究，他们发现这只穆托在废核电厂内具有周期性与外界沟通的迹象，但具体目的尚不得而知。
就在他们准备进一步调查时，穆托突然孵化，并朝着太平洋的另一端飞去。察觉到怪兽出没的美国军方，迅速在太平洋周边加强了防御部署。然而，芹泽博士深知，以人类现有的武器技术，根本无法与穆托这种级别的怪兽抗衡。
更为棘手的是，在穆托与外界沟通期间，他们还侦测到了“哥斯拉”苏醒的回应。芹泽博士大胆推断，人类或许需要借助“哥斯拉”的力量来消灭“穆托”。这一推测让本已紧张的局势变得更加扑朔迷离，一场前所未有的灾难即将席卷而来。
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在柳天赐回到美国后不久，一只雄穆托从帝王组织的前哨站振翅逃离，乔在混乱中不幸丧生。福特独自一人返回夏威夷，却不料再次遭遇了穆托和苏醒的哥斯拉之间的激战。
与此同时，雌穆托也苏醒过来，并迅速飞往旧金山与雄穆托交配，产下了数百枚卵。帝王组织的研究员艾玛和马克试图通过奥卡系统与泰坦巨兽交流，但哥斯拉的突然出现让他们一家四口不得不匆忙逃离。在寻找失踪的儿子安德鲁?罗素的过程中，他们目睹了哥斯拉从他们身边经过的震撼场景。
哥斯拉与两只穆托展开了激烈的战斗。福特机智地炸毁了穆托的卵，这使得两只穆托暂时放弃了与哥斯拉的对决。然而，雌穆托愤怒地转向福特，意图将他置于死地。在这危急关头，哥斯拉使用原子吐息阻止了雌穆托，为福特等人争取了转移弹头的时间。
接着，哥斯拉巧妙地利用尾巴击败了雄穆托。在千钧一发之际，他再次救下了福特，并用原子吐息直射入雌穆托的喉咙，将其彻底消灭。第二天，哥斯拉默默地回到了大海的怀抱。